Das Kuratorium der Stiftung wird vom Kirchenvorstand (KV) der St. Nathanael-Gemeinde bestellt und hat sechs Mitglieder. Diese beraten und beschließen über die satzungsgemäße Verwendung der zur Verfügung stehenden Gelder.
Die Kirchenvorstandswahl 2024 hat zu einer neuen Zusammensetzung des Kuratoriums der Stiftung St. Nathanael geführt. Satzungsgemäß entsendet der Kirchenvorstand neben der Pastorin zwei seiner Mitglieder dorthin.